Introducción: Las Infecciones Asociadas a la Asistencia Sanitaria (IAAS) se consideran un fenómeno multicausal y multidisciplinario donde el Microbiólogo juega un rol fundamental en su prevención y control, es por ello la necesidad de establecer un sistema de vigilancia microbiológica selectiva con un enfoque epidemiológico. Objetivo: Determinar posibles fuentes de infección / contaminación - en este caso, de ambiente inanimado - de áreas restringidas, en función de prevenir dicha iatrogenia como problema mundial de salud. Material y Métodos: Se realizó un estudio cuasi - experimental de corte transversal, donde se procesaron 1137 muestras de interés epidemiológico y 36454 controles biológicos para autoclaves, de 114 unidades de salud seleccionadas de la capital durante el año 2016. Se utilizaron las técnicas microbiológicas estandarizadas internacionalmente y normadas en nuestro medio. Resultados: La positividad general de muestras analizadas fue del 7 % recayendo en hospitales especializados; aquellas clasificadas como “otras muestras” (dispositivos de uso único y líquidos de infusión) así como el agua no estéril / preparación de formulaciones orales, fueron las de mayor contaminación bacteriana. Los hallazgos microbiológicos más frecuentes recayeron en Bacillus spp. Gram positivos, Micrococcus spp. y E. aerogenes. La no satisfactoriedad de controles biológicos fue del 5 %, reportándose las mayores cifras en gineco - obstétricos. Conclusiones: “Otras muestras” y el agua no estéril fueron las principales fuentes de infección / contaminación en ambiente inanimado según universo de estudio. Se evidencian dificultades reales en la dinámica de trabajo, así como en los procedimientos de desinfección - antisepsia y esterilización.